Rezerwaty to wydzielone obszary o szczególnych wartościach przyrodniczych, zachowane w stanie naturalnym lub mało zmienionym. Ogranicza się tam gospodarkę leśną. Spośród 1441 rezerwatów, które mamy obecnie w Polsce, 671 to rezerwaty leśne o łącznej powierzchni ponad 61 tys. ha. Rezerwaty stanowią 1,6 proc. powierzchni lasów zarządzanych przez LP.

Z racji swego położenia wewnątrz Puszczy Nadleśnictwo Supraśl może się pochwalić największą na tym obszarze zachowaną ilością cennych przyrodniczo powierzchni i pojedynczych obiektów. Mamy tu aż 11 rezerwatów przyrody o łącznej powierzchni ok. 1800 ha. Stanowi to ponad 10% powierzchni Nadleśnictwa.

Spośród wszystkich rezerwatów znajdujących się na naszym terenie, dziesięć to rezerwaty częściowe. Oznacza to, że dopuszczalna jest w nich ingerencja człowieka po to, by zachować je w niezmienionym kształcie. Częstokroć po czasie okazuje się, że przedmiot ochrony mógł istnieć tylko dzięki prowadzeniu na danym terenie zabiegów gospodarczych. Po objęciu ścisłą ochroną i zaprzestaniu wszelkich działań - przedmiot ochrony ginął.                        

Rezerwatem ścisłym, w którym wszelka ingerencja jest zabroniona, jest rezerwat "Bahno w Borkach". Celem jego utworzenia było zachowanie rozległego kompleksu siedlisk bagiennych w dolinie rzeki Supraśl, odznaczającego się bogactwem flory roślin naczyniowych i mszaków oraz występowaniem dużej liczby gatunków chronionych. Jest on również jedną z głównych ostoi łosia w Puszczy Knyszyńskiej.

Rezerwatami częściowymi w Nadleśnictwie Supraśl są:

-   "Stare Biele" - chroni naturalne i dobrze wykształcone zbiorowiska leśne i bagienne; jest również ostoją żubrów.

-     "Woronicza" - chroni rozległe torfowiska niskie i całą dolinę strumienia Woronicza z przyległymi wzgórzami morenowymi, występującymi tu zbiorowiskami i rzadkimi roślinami.

-     "Międzyrzecze" - obejmuje fragment Puszczy z urozmaiconą rzeźbą terenu, licznymi źródliskami i bogatą szatą roślinną.

-     "Stara Dębina" - chroni jeden z niewielu zachowanych fragmentów dorodnego starodrzewu dębowego.

-      "Jałówka" - wyróżnia się bogactwem zbiorowisk roślinnych, obejmuje charakterystyczne dla Puszczy układy geomorfologiczne.

-     "Krzemienne Góry" - posiada ciekawą budowę geomorfologiczną, chroni zróżnicowane, typowe dla Puszczy leśne zbiorowiska roślinne.

-     "Krasne" - chroni dorodny drzewostan sosnowy rosnący w typowo wykształconych zbiorowiskach borów.

-     "Budzisk" - obejmuje naturalny fragment Puszczy Knyszyńskiej z różnorodnymi zbiorowiskami leśnymi, torfowiskowymi i źródliskowymi.

-     "Surażkowo" - chroni rozległy kompleks torfowiskowy na obrzeżu doliny rzeki Sokołdy z naturalnym sosnowo-brzozowym lasem bagiennym.

-     "Kozłowy Ług" - obejmuje rozległe siedliska bagienne z wykształconymi na nich zbiorowiskami z dużym udziałem roślin chronionych.