Zagrożenia dzieli się na trzy grupy:

• biotyczne (np. szkodliwe owady, grzyby patogeniczne, ssaki roślinożerne);
• abiotyczne – ekstremalne zjawiska atmosferyczne (np. silne wiatry, śnieg, ulewne deszcze, wysokie i niskie temperatury);
• antropogeniczne – wywołane przez człowieka (np. pożary, zanieczyszczenia przemysłowe, zaśmiecanie lasu).

Aby zachować las w dobrym stanie zdrowotnym i w naturalnej odporności należy wiele uwagi poświęcić jego stanowi sanitarnemu. Na poszczególnych etapach wzrastania i dojrzewania lasu mamy do czynienia z różnymi zagrożeniami i różnymi procedurami ochronnymi.

a/ uprawy i szkółki: tu głównym zagrożeniem są szkodniki występujące w glebie. Na naszym terenie nie występują (w skali mogącej mieć znaczenie gospodarcze). Sporadycznie występuje pędrak chrabąszcza majowego. Aby ograniczyć powodowane przez niego szkody należy przeprowadzać kontrole zapędraczenia gleby w szkółkach oraz na powierzchniach przeznaczonych do zalesienia i odnowienia.

b/ starsze uprawy i młodniki: tu największym zagrożeniem w Nadleśnictwie Supraśl jest szeliniak sosnowiec. Należy prowadzić monitoring jego występowania oraz zwalczanie polegające na otaczaniu upraw rowkiem chwytnym oraz na wykładaniu pułapek i częstym ich oczyszczaniu (szeliniak) oraz wyszukiwaniu i paleniu zaatakowanych drzewek (w przypadku smolika i zwójki).

c/ ochrona lasu przed szkodnikami pierwotnymi: należy zwrócić uwagę na właściwe wykonywanie corocznych ocen stopnia zagrożenia poprzez:

    - obserwację intensywności lotu motyli brudnicy mniszki (pułapki feromonowe)

    - wiosenną kontrolę liczenia gąsienic

    - jesienne poszukiwania szkodników pierwotnych sosny zimujących w glebie: strzygoni choinówki, barczatki sosnówki,  paprocha cetyniaka, osnui gwiaździstej i boreczników.

W przypadku wystąpienia gradacji należy liczyć się z możliwością zastosowania metody chemicznej lub chemiczno-biologicznej.

d/ ochrona lasu przed szkodnikami wtórnymi: największe zagrożenie stanowi kornik drukarz. Tylko w czasie jego gradacji w latach 2000-2004 na terenie nadleśnictwa wycięto łącznie 98740m³ zasiedlonego drewna. Zwiększonemu występowaniu szkodników wtórnych sprzyja osłabienie drzew przez pożary, czynniki atmosferyczne, zakłócenia stosunków wodnych, uszkodzenia przez zwierzynę i szkodniki pierwotne. 

Aby ograniczyć rozmiar powstających szkód przewiduje się następujące działania:

   - utrzymanie właściwego stanu sanitarnego lasu poprzez wyrabianie i wywożenie z lasu złomów i wywrotów;

   - przeprowadzanie okresowych kontroli występowania szkodników wtórnych;

   - wykładanie drzew pułapkowych i ich korowanie w terminach określonych przez „instrukcję ochrony lasu" oraz stosowanie pułapek feromonowych na kornika drukarza;

   - terminowy wywóz surowca drzewnego z lasu;

   - ochronę naturalnych wrogów owadów szkodliwych, szczególnie ptaków poprzez zawieszanie budek lęgowych, budowę poideł, zakładanie remiz itp.

e/ powierzchnia na której stwierdzono występowanie szkodliwych grzybów zagrażających gospodarce leśnej jest niewielka. Na szkółkach sadzonki uszkadzane są przez zgorzel siewek, osutkę sosnową i mączniaka dębu. Konieczne jest zaprawianie nasion przed siewem odpowiednimi preparatami.

W drzewostanach starszych występuje m.in. opieńka miodowa, obwar sosnowy oraz różne gatunki grzybów niszczących drewno. W stosunku do tych patogenów stosuje się wyszukiwanie porażonych drzew i usuwanie ich w ramach cięć pielęgnacyjnych.

W ostatnich latach mamy do czynienia ze zjawiskiem zamierania jesionu a także dębu. Prawdopodobnie związane to jest z osłabieniem drzew spowodowanym ogólnym spadkiem poziomu wód gruntowych i atakowaniem ich przez zespół czynników chorobotwórczych.

f/ ochrona lasu przed zwierzyną płową: aby przeciwdziałać tego typu szkodom należy:

   - utrzymywać stan zwierzyny płowej oraz jej strukturę wiekową i płciową zgodnie z pojemnością łowiska;

   - właściwie zagospodarowywać poletka łowieckie;

   - powiększać naturalną bazę żerową poprzez odtworzenie oraz właściwe zagospodarowanie małych łąk śródleśnych;

   - grodzić uprawy;

   - stosować indywidualne środki zabezpieczające sadzonki przed zgryzaniem i spałowaniem.